Unidad central de apoyo en genómica traslacional (UCA-GT)

Descripción

 

Resumen

 

La UCA-GT

pone a disposición de los investigadores las últimas tecnologías de

ultrasecuenciación (next-generation sequencing), desde la selección del diseño

experimental y la purificación de las muestras biológicas necesarias, hasta el

análisis bioinformático.

 

La UCA-GT es

una infraestructura creada con fondos del Instituto de Salud Carlos III

(ISCIII), formando parte del Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria

(IRYCIS). Está abierta a todo tipo de usuarios de instituciones públicas o

privadas. Sus socios estratégicos son la Fundación Parque Científico de Madrid

(FPCM) y Sistemas Genómicos S.K.

 

Equipamiento/

Know-How del grupo relevante

 

  •  Nanodrop 2000. Determinación espectofotométrica.
  •  Bioanalizador Agilent 2200 TapeStation System. Electroforesis capilar en chips.
  •  Fluorómetro Qubit 2.0. Determinación fluorimétrica.
  •  Plataforma de ultrasecuenciación de ácidos nucleicos Ion Torrent Personal Genome Machina (PGM).
  •  Sistema de automatización de la preparación de librerías AB Library Builder (Applied Biosystems).
  •  Sistema de automatización de la amplificación de librerías Ion OneTouch System (Ion Torrent).
  •  Sistema de electroforesis en geles de agarosa para selección por tamaño, Pippin Prep (SAGE Science).

 

Servicios:

 

Extracción de ácidos nucleicos automatizada

- Extracción de ADN (sangre 350 ul - 5 ml, 2 ml de saliva, sangre fresca en

papel 3,2 mm, tejido fresco 10 mg, tejido en sección FFPE 10 um)

- Fluido amniótico ADN, plasma, hisopos bucales, etc.

- Extracción de ADN plásmidico (1,5 ml cultivo bacterias)

- Extracción de RNA (2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene)

- DNA / RNA viral


Análisis de ácidos nucleicos (Agilent 2200 Bioanalyzer TapeStation)

- Análisis de ADN por electroforesis capilar (de alta sensibilidad o amplia

gama)

- Análisis del ADN genómico mediante electroforesis capilar

- Análisis de ARN mediante electroforesis capilar (de alta sensibilidad o

amplia gama)

Cuantificación de ácidos nucléicos (Qubit 2.0 y Nanodrop)

- Cuantificación de ADN por fluorimetría (Qubit 2.0) o absorción UV (Nanodrop)

- Cuantificación del ARN por fluorimetría (Qubit 2.0) o absorción UV (Nanodrop)

Secuenciación masiva

Generación de Librerías

- Paneles de genes humanos Re-secuenciación- (Usuario PCR multiplex PCR,

Captura)

- Genoma Mitocondrial

- Genoma microorganismos secuenciación de novo

- metagenoma 16S

- Virus de la gripe A

- Aptámeros

- miRNAs

Ion Torrent ™ tecnología de Secuenciación de próxima generación

- Kit de 200 pb / Chip 314 (20 Mb)

- Kit de 200 pb / Chip 316 (200 Mb)

- Kit de 200 pb / Chip 318 (1 Gb)

- Kit de 400 pb / Chip 314 (40 Mb)

- Kit de 400 pb / Chip 316 (400 Mb)

- Kit de 400 pb / Chip 318 (2 Gb)

Bioinformática

Análisis secundarios y / o datos en bruto terciarios