Unidad central de apoyo en genómica traslacional (UCA-GT)

Desarrollado por: Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Ramón y Cajal (IRYCIS)

Descripción

Resumen

La UCA-GT pone a disposición de los investigadores las últimas tecnologías de ultrasecuenciación (next-generation sequencing), desde la selección del diseño experimental y la purificación de las muestras biológicas necesarias, hasta el análisis bioinformático.

La UCA-GT es una infraestructura creada con fondos del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), formando parte del Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria (IRYCIS). Está abierta a todo tipo de usuarios de instituciones públicas o privadas. Sus socios estratégicos son la Fundación Parque Científico de Madrid (FPCM) y Sistemas Genómicos S.K.

Equipamiento/ Know-How del grupo relevante

  • Nanodrop 2000. Determinación espectofotométrica.
  • Bioanalizador Agilent 2200 TapeStation System. Electroforesis capilar en chips.
  • Fluorómetro Qubit 2.0. Determinación fluorimétrica.
  • Plataforma de ultrasecuenciación de ácidos nucleicos Ion Torrent Personal Genome Machina (PGM).
  • Sistema de automatización de la preparación de librerías AB Library Builder (Applied Biosystems).
  • Sistema de automatización de la amplificación de librerías Ion OneTouch System (Ion Torrent).
  • Sistema de electroforesis en geles de agarosa para selección por tamaño, Pippin Prep (SAGE Science).

Servicios:

Extracción de ácidos nucleicos automatizada
- Extracción de ADN (sangre 350 ul - 5 ml, 2 ml de saliva, sangre fresca en papel 3,2 mm, tejido fresco 10 mg, tejido en sección FFPE 10 um)
- Fluido amniótico ADN, plasma, hisopos bucales, etc.
- Extracción de ADN plásmidico (1,5 ml cultivo bacterias)
- Extracción de RNA (2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene)
- DNA / RNA viral

Análisis de ácidos nucleicos (Agilent 2200 Bioanalyzer TapeStation)
- Análisis de ADN por electroforesis capilar (de alta sensibilidad o amplia gama)
- Análisis del ADN genómico mediante electroforesis capilar
- Análisis de ARN mediante electroforesis capilar (de alta sensibilidad o amplia gama)
Cuantificación de ácidos nucléicos (Qubit 2.0 y Nanodrop)
- Cuantificación de ADN por fluorimetría (Qubit 2.0) o absorción UV (Nanodrop)
- Cuantificación del ARN por fluorimetría (Qubit 2.0) o absorción UV (Nanodrop)
Secuenciación masiva
Generación de Librerías
- Paneles de genes humanos Re-secuenciación- (Usuario PCR multiplex PCR, Captura)
- Genoma Mitocondrial
- Genoma microorganismos secuenciación de novo
- metagenoma 16S
- Virus de la gripe A
- Aptámeros
- miRNAs
Ion Torrent ™ tecnología de Secuenciación de próxima generación
- Kit de 200 pb / Chip 314 (20 Mb)
- Kit de 200 pb / Chip 316 (200 Mb)
- Kit de 200 pb / Chip 318 (1 Gb)
- Kit de 400 pb / Chip 314 (40 Mb)
- Kit de 400 pb / Chip 316 (400 Mb)
- Kit de 400 pb / Chip 318 (2 Gb)
Bioinformática
Análisis secundarios y / o datos en bruto terciarios

Datos de Contacto

Responsable: Francisco Javier del Castillo (Dirección Científica) y
Antonio Sánchez- Herranz (Dirección de Gestión)
Contacto (Telf. /Mail): Gloria Muñoz Martín. 91 336 85 41 // 91 336 85 42
ucagt.irycis@gmail.com